هدف: شناسایی علل و فرایندهای مانع روند اسلامی شدن دانشگاهها در بعد از انقلاب اسلامی، هدف اصلی این تحقیق بوده است. روش: در این نوشتار، مبتنی بر روش تبارشناسی، به مطالعۀ سیر تاریخی شکل‌گیری دانشگاه در جامعه ایران مبادرت شده است. یافته‌ها: گفتمان دانشگاه اسلامی، از حیث سویه‌های سیاستی و محتوایی، در پیوستاری از «اسلامی کردن» تا «اسلامی شدن» با زیر عنوانهای یازنمادگرایی و ظاهرگرایی، گزینش‌گری و انضباط‌محوری، برنامه‌زدگی و نظارت‌گری تا آزادی‌گرایی، رها‌سازی و ... به بالا و پایین می‌رود. از حیث تغییر و تحول علمی نیز در پیوستاری از ثابت بودن علم در تمامی هستی‌شناسی‌ها تا بومی‌گرایی و سپس تا بدیل‌سازی جزءنگر و فراتر از آن، بدیل‌سازی کل‌نگر، بحثهای مختلفی جاری می‌باشد. نتیجه‌گیری: مبتنی بر نگرش تبارشناسانه به موانع اسلامی شدن دانشگاهها، شناسایی اولین صورت‌بندی صحیح برای مطالعه این پدیده، نه در انقلاب فرهنگی، که در ورود تاریخی مدرنیته به گردونۀ ارزشهای دینی جامعه ایرانی مستقر است. براین اساس، انقلاب فرهنگی و طرح مسئلۀ دانشگاه اسلامی، ماهیتی عارضی بر اصلیت دانشگاه تلقی نشده و بلکه ماهیتی از گشتی به اصالت دینی و فرهنگی جامعه ایران را در مواجهه با عارضه مدرنیته، مورد توجه قرار می‌دهد.