بدخشان به‌عنوان یکی از مهم‌ترین شهرهای استراتژیکی افغانستان و زیستگاه اقوام مختلف، با ورود اسلام شاهد تغییرات گوناگونی اجتماعی، فرهنگی، سیاسی و اقتصادی بوده است. با توجه به اینکه سرزمین لعل پرور بدخشان سرشار از معادن (لعل، لاجورد، طلا و…) و بناهای تاریخی و آثار فرهنگی و تمدن اسلامی بوده و برای جهان اسلام به‌خصوص افغانستان در مسائل نظامی و تجاری از اهمیت حیاتی برخوردار می‌باشد، آنگونه که بایسته است مورد توجه واقع نشده است؛ ازاین‌رو نگارنده با بهره‌گیری از روش توصیفی و تحلیلی و مراجعه به منابع معتبر تاریخی و با حضور در منطقه، سیر و تحول تاریخ فرهنگ و تمدن اسلامی را در بدخشان مورد تجزیه و تحلیل قرار داده است. یافته‌های پژوهش نشان می‌دهد که بدخشان پیش از ورود اسلام به خاطر موقعیت راهبردی (جاده ابریشم) و داشتن معادن و رود بزرگ جیحون، مورد توجه حکومت‌های آشوری، مادها، هخامنشی‌ها و اسکندر بوده و بعد از ورود اسلام با تأثیرپذیری از فرهنگ و تمدن آن، تحولات اجتماعی مانند شوری دهقانان، صلح، احزاب، خانواده و…، فرهنگی مانند مراسم‌های عبادی و ملی و… سیاسی مانند تشکیل حکومت‌های محلی و… اقتصادی مانند رونق تجارت و… اساسی به وجود آمد. همچنین به خاطر ره‌آوردهای اسلام تحولات بنیادی در عرصه نهضت‌های علمی، فکری، تربیت شخصیت‌های علمی، سیاسی و رونق بخشی به ادبیات فارسی، ایجاد شد. نیز معماری و هنر اسلامی در ساخت مساجد، مکاتب، صنایع‌دستی و خانه‌ها از دیگر دست آوردهای فرهنگ و تمدن اسلامی در بدخشان بوده است.