مبانی معرفت‌شناسی میرزا مهدی اصفهانی(ره) بر پایه نظریه فطرت، در حوزه زبان‌شناسی، جهان‌شناسی و خداشناسی شکل یافته است. به باور وی، فطرت در معنای عام و گسترده آن، مواجهه مستقیم عاقل با جهان خارج و حذف صورت و تصورات ذهنی در ساحت تعقل و اندیشه است. نور علم و عقل، اشیای خارجی را برای عاقل روشن می‌کنند و صورت‌های ذهنی دخالتی در فرآیند شناخت ندارند. اما شناخت خداوند، به معرفت فطری است نه با صور عقلی و نه با نور علم و عقل. معرفت فطری خدا همان دریافت معرفت الله از خداست و انسان با همین شناخت وارد نشئه دنیا می‌شود. درک احاطی خداوند ممتنع است و تنها راه معرفت عقلی، خروج از حدین است.