نظام جمهوری اسلامی مبتنی بر ولایت فقیه، نخستین بار در اندیشه شیعه، همراه با پیروزی انقلاب اسلامی و تأسیس جمهوری اسلامی ایران به رهبری امام خمینی در صحنه عمل ظاهر شده و سپس از سوی مقام معظم رهبری، آیت الله خامنه ای ادامه یافته است. با مراجعه به اندیشه سیاسی این دو رهبر انقلاب می توان به ارکان اساسی نظام و دولت اسلامی دست یافت. از طرف دیگر، برای روشن شدن دیدگاه هر متفکر و اندیشمندی درباره دولت، می توان اندیشه او را در سه بحث مفهوم (ارگانیکی/مکانیکی)، ساختار (دولت حداقلی/دولت حداکثری) و نظریه دولت (جامعه محور/دولت محور) بررسی کرد. بررسی ها بیانگر آن است که در اندیشه سیاسی آیت الله خامنه ای، مفهوم دولت با توجه به منشأ الهی مردمی دانستن دولت و اعتقاد به مردم سالاری دینی و اصول مسلّم استقلال، آزادی و جمهوری، مفهومی شبکه ای است که بر مبنای هندسه الهی شکل یافته است. در بحث ساختار دولت، ایشان به دولت کوچک پویا و تعاملی بدون الزامات غیراسلامی و حتی الحادی نظریات غربی و شرقی معتقدند. به اعتقاد ایشان، ساختار دولت، ولایت فقیهی بر پایه ولی فقیه و سه قوه مقننه، مجریه و قضاییه است که به صورت مستقل و مجزا از یکدیگر فعالیت می کنند. ایشان کارویژه اصلی دولت را «نظارت، حمایت و هدایت» و اصل اساسی را عدم دخالت دولت در زندگی مردم می دانند؛ به جز زمانی که مصلحت اسلام یا مردم مسلمان اقتضا کند که در این صورت دولت می تواند در امور مردم دخالت کند. بر اساس همین کارویژه و وظیفه ای که برای دولت تعریف می کنند، ایشان در نظریه دولتشان به دولت کریمه عدل محور معتقدند که مبنای آن اسلامی است و جهت الهی دارد و اصول اساسی آن، برپایی قسط و عدالت، مردم سالارى، استقلال، مبارزه با فساد و بی عدالتی، دفاع از حقوق ملت در همه زمینه ها، دفاع از حقوق مسلمانان عالم، و دفاع از هر مظلومى در هر نقطه عالم است.