إن الهدف العلمي لهذا البحث يتمثل بتحليل إشكالية التشابه بين جذور الفكر السياسي الإسلامي والفكر الثيوقراطي وأنظمته، وكذلك إشكالية التشابه بين آليات ممارسة السلطة في النظام السياسي الإسلامي وأنظمة الديمقراطيات التقليدية، والتوقف عند مساحات الاشتراك والافتراق بين هذه الأنظمة الثلاثة: الإسلامية، الثيوقراطية والديمقراطية. كما يهدف البحث إلى تسليط الأضواء على موقع الشورى والممارسة الشورية في النظام السياسي الإسلامي الحديث، وقياس مستوى مشاركة الشعب في القرار السياسي للدولة بمقياس كل من الثيوقراطية والديمقراطية والشورى. ويهدف البحث أيضاً إلى قراءة محاولات التأصيل للفكر السياسي الإسلامي، والتي تمخض عنها ولادة النظام السياسي الإسلامي الحديث بقواعده وأجهزته، وما تخلل هذا المخاض المتواصل من واقعية وعملانية في اقتباس بعض القواعد والآليات من المذاهب والأنظمة السياسية الوضعية، في إطار ما عرف بـ "الأسلمة". وبالتالي فإن جهة البحث تنحصر في المعالجة العلمية لتجربة النظام السياسي الإسلامي الحديث كشفاً وتقويماً ومقارنة، مع التأكيد على أن هذه المعالجة لن تتناول الممارسة السياسية اليومية للنظام، لأنها تخرج عن اختصاص البحث، بل ستركز على الآليات والأجهزة والممارسات العامة التي تمثل ظواهر سياسية. ويضع هذا البحث جملة من الفروض والمقدمات التي ينطلق منها ويستهدي بها، بغية تحديد مساره المنهجي ومساحته وهي: أولاً: أن المراد بالنظام السياسي الإسلامي الحديث (موضوع البحث) هو نموذجه القائم في إيران. ثانياً: أن هذا النظام يتفرد بخصوصية تميزه عن الدول والأنظمة التي حكمت باسم الإسلام، منذ نهاية عهد الخلافة الراشدة وحتى سقوط الدولة العثمانية، لأنه أول نظام سياسي في مدرسة أهل البيت (ع) يعتمد نظرية فقهية في الحكم في عصر غيبة الإمام المهدي (ع) وهي نظرية حاضرة في أسسها وخطوطها العامة قبل قيام هذا النظام. ثالثاً: يشكل هذا النظام تجربة مختلفة وجديدة على مستوى الفكر السياسية والنظريات الاجتماعية والنظم السياسية القائمة، من ناحية تصوره الكوني، وأسسه الفكرية والعقيدية، وبنية السلطة فيه. رابعاً: برغم ما يميز هذا النظام عن الأنظمة الأخرى، إلا أنه استفاد من الإنجازات البشرية التي تمثل نتاجات نافعة ومحايدة مفرغة من الأبعاد الأيديولوجية، وتحديداً في مجال الصياغات الفنية والآليات.
