در نزدیکی ساحل شرقی نیل و در بخش قدیمی قاهره، مسجدی با گنبد و گلدسته های کوچک و بزرگ چشم می نوازد که دارای شهرتی جهانی بوده و به «الجامع الازهر الشریف» شناخته می شود. این مسجد در کنار مساجدی چون: مسجدالنبی در مدینه، مسجد الحرام در مکه، جامع بصره و کوفه، جامع ری، جامع عمرو در فسطاط ، مسجد الاقصی و قبه الصخره در بیت المقدس، جامع اموی در دمشق، جامع زیتونه در تونس، جامع قیروان در مراکش به عنوان بزرگترین مراکز علمی به شمار می رفته اند.
بنیان گذار مسجد جامع الازهر، «جوهر کاتب صقلی» سردار، المعزّ لدین الله، چهارمین خلیفه فاطمی بوده که پس از فتح مصر شهر قاهره را ساخت و مسجد الازهر را نیز در جنوب شرقی و سوی قبله ی قصر خلیفه در میان محله ی ترک و دیلم بنیان نهاد. بنای الازهر در ۲۴ جمادی الاول سال ۳۵۹ ق آغاز و در ۷ رمضان ۳۶۱ ق، پایان یافت و در ماه رمضان همان سال، نخستین نماز جمعه در آن و توسط ابو تمیم، المعزّ لدین الله اقامه شد. با توجه به مذهب اسماعیلی خلفای فاطمی این مسجد را می توان قدیمی ترین دانشگاه تمدن اسلامی دانست که توسط شیعیان تاسیس شده است. اینکه چرا این دانشگاه به «الازهر» شهرت یافته، نظرات گوناگونی وجود دارد، برخی معتقدند شاید به مناسبت کلمه ی زهرا لقب حضرت فاطمه زهرا (سلام الله علیها) به ازهر نامگذاری شده باشد. برخی نیز معتقدند نامگذاری آن به سبب محاط بودن به کاخهای باشکوه خلفای فاطمی(المقصور الزاهره) یا درخشندگی آن در میان دیگر جوامع مصر چنین نامی بر آن نهاده شده است.
گرچه فعالیت مسجد الازهر در بدو تأسیس به برگزاری نماز جماعت و بحث های علمی و سیاسی علما و دولتمردان فاطمی محدود بود، اما به تدریج به پشتوانه فقهی، کلامی، اجتماعی و سیاسی مذهب اسماعیلی و خلافت فاطمی در عرصه های مختلف نظری و عملی مبدل شد. با سقوط دولت فاطمیان و با وجود اینکه گمان می رفت فعالیتش استمرار نیابد اما توانست با تغییر در برخی نگرش های مذهبی و فقهی، نقش محوری خود در تحولات علمی جهان اسلام را حفظ نماید.
جامع الازهر پس تاسیس و در دوران حکومت العزیز بالله رونق بیشتری یافته و در سال ۳۷۸ ق با موافقت خلیفه برای گروهی از فقیهان حقوقی برقرار شده و برای زندگی آنان در کنار جامع خانه ای ساخته شده و کمک های مالی فراوانی در نظر گرفته شد. پس از او نیز الحاکم بامرالله نیز با وجود تاسیس مسجد دیگری در قاهره اما بواسطه نوسازی، اهدای هدایای ارزنده از جمله کتاب های نفیس خزانه خلافت به کتابخانه الازهر و تعیین موقوفات، بر رونق این مسجد-دانشگاه افزود. این مسجد-دانشگاه میراث دار فرهنگ و تمدن شیعی بوده و می توان رخ دادهایی چون: ایراد خطبه به نام خلیفگان فاطمی، افزودن عبارت «حی علی خیر العمل» در اذان، برپا داشتن سوگواری عاشورای حسینی، برپایی مجلس «الحکمه» در حضور خلیفه و وزیران و دانشمندان؛ چراغانی و قرآن خوانی چهار شب اول و نیمه رجب، اول و نیمه ی شعبان که گاه خلیفه و خاندانش نیز در آن شرکت داشتند و آموزش داعیان و مبلغان مذهبی را از جمله این میراث دانست.
ریاست دانشگاه الازهر، نخستین بار توسط امپراطوران عثمانی و در سال ۱۱۰۰ ق به یکی از دانشمندان مشهور علوم دینی به نام محمد بن عبدالله الخراشی مالکی ملقب به «شیخ الازهر» سپرده شد. شیخ الازهر در این هنگام چنان اعتباری داشت که افزون بر سرپرستی همه ی نهادهای آموزشی مصر، از مشاوران مورد اعتماد دولت در مسائل مهم این بخش از قلمرو عثمانی دانسته شده و چنین اعتباری باعث شده بود که در مبارزات ضد استعماری نیز شیوخ الازهر نقش موثری ایفا نمایند. از میان مشایخ الازهر دو تن دارای شهرت بیشتری هستند. نخست محمد مصطفی مراغی که اصلاحات دامنه دار الازهر را به او نسبت می دهند و دیگری شیخ محمد شلتوت که از پیشگامان تقریب مذاهب به شمار می رود. شیخ مصطفی مراغی دوبار به ریاست این جامع برگزیده شده و بر تنظیم برنامه ای جامع در سطح گسترده و به شکلی که با نیازمندیهای جامعه ی مصر نزدیک تر بود، همت گماشت. از دیگر اقدامات وی بنای این شهرک برای موسسات علمی وابسته به الازهر، کتابخانه، خوابگاه و … بود. شیخ محمود شلتوت دیگر شیخ الازهر است که خود فارغ التحصیل همین دانشگاه بوده و تالیفات بسیاری در زمینه های مختلف علمی از خود بر جای نهاده است. از جمله اقدامات ارزنده او تاسیس کرسی فقه شیعه جعفری بود که پس از تاسیس دو کرسی فقه حنفی و شافعی در دانشکده الهیات و معارف اسلامی دانشگاه تهران در سال ۱۳۳۵ ش، به عنوان عمل متقابل صورت گرفت. در این دوران استفاده از وجود شخصیت های علمی چون محمد مافی، محمد فهام و محمود جبرالله که دوره های تخصصی علمی را در غرب گذرانده بودند، برای این دانشگاه از جمله اقداماتی است که در راستای احیای تفکر علمی و تطبیق آن با آموزش های سنتی الازهر انجام گرفته است. هم چنین از برخی اقدامات وی می توان به برگزاری مراسم عزاداری اباعبدالله در صحن دانشگاه الازهر و عدم به رسمیت شناختن اسرائیل اشاره کرد.
اشغال مصر توسط قوای ناپلئون بناپارت در سال ۱۲۱۳ ق آغاز فصل نوینی برای مسجد-دانشگاه الازهر بود. دورانی که آموزش سنتی به آموزش پیشرفته تبدیل گردید و به واسطه آشنایی با علوم اروپایی آموزش رشته های غیر دینی نیز پایه گذاری گردید. در این دوره ناپلئون برای راضی نگه داشتن علمای الازهر و با جلب رضایت آنان انستیتو مصر را ایجاد نمود تا متخصصین فرانسوی نظریات فنی خویش را ارائه دهند، ناپلئون در مراسم روز میلاد رسول اکرم(صلی الله و علیه و آله) شرکت نمود و درباره ی امور سیاسی با دانشمندان به گفتگو نشست. در سال ۱۲۹۹ ق مصر توسط قوای استعمارگر بریتانیا اشغال گردید. شیخ محمد عبده یار دیرین سید جمال الدین اسد آبادی که جهت آشنایی با فرهنگ دیگر ملت ها از طرفداران بیداری مسلمانان در سراسر دنیای اسلام بود ظهور کرده و به مقام شیخ الازهر دست یافت. در تاریخ ۱۵ نوامبر ۱۹۳۰ م، اساس و سازمان الازهر به کلی دگرگون گردید و به یک دانشگاه امروزی تبدیل شد. در سال های بعد دانشگاه الازهر آموزش های نوین علمی را از جمله تخصص های مختلف پزشکی و مهندسی، ریاضیات، شیمی و اقتصاد و … را در ضمن آموزش های دانشگاهی خود گنجاند.
در نیمه ی نخست قرن بیستم با تلاش های آیت الله العظمی بروجردی و به ابتکار مرحوم علامه محمدتقی قمی و همیاری علمای الازهر و در رأس آنها شیخ محمد شلتوت، مرکزی به نام «دار التقریب بین المذاهب الاسلامیه» تاسیس گردید که در همان زمان مجله ای به نام «رساله الاسلام» منتشر می نمود که بزرگترین علمای مذاهب اسلامی در آن قلم می زدند، این مرکز با پشتکار علامه شیخ محمدتقی قمی و همیاری علمای الازهر، خدمات فراوانی را در راستای تقریب مذاهب اسلامی به انجام رسانده تا اینکه به دلایل سیاسی به تعطیلی کشیده شد.
براساس قانون مصر جدید مصوب ۱۹۶۱ م، دانشگاه الازهر یک موسسه بزرگ دینی اسلامی است که وظیفه اش پاسداری از شریعت اسلام و زبان عربی و نشر آن و تعلیم دانشجویانی است که پس از فراغت از تحصیل عهده دار تدریس علوم دینی و زبان عربی و متصدی امور شرعی خواهند شد. در ضمن دانشجویان مسلمان از هر نقطه از کشورهای اسلامی در آن پذیرفته می شوند. درحال حاضر الازهر به دو بخش جامعه الازهر(بخش دختران) و جامع الازهر(بخش مردان) با ۴۳ دانشکده ویژه آقایان و ۱۷ دانشکده مختص دختران مشغول فعالیت است. الازهر هم اکنون در تمامی رشته‌های اصلی اعم از علوم نظری، علوم انسانی، علوم فنی و مهندسی، علوم تجربی، علوم پزشکی، فلسفه و زبان‌های خارجی، از مقطع کارشناسی تا دکترا، دانشجو می‌پذیرد. این دانشگاه تنها حوزه علمیه دینی مصر است که اقدام به تربیت طلاّب علوم دینی می کند. همچنین در برخی تخصص‌های هنری همچون قرائت قرآن، خوشنویسی، شعر و سرود، صحافی و فن خطابه و وعظ با به کار گرفتن مجموعه گسترده‌ای از هنرستان‌های فنی و حرفه‌ای مشغول فعالیت است.
در حال حاضر ۱۰ درصد از دانشجویان دانشگاه الازهر دانشجویان غیر مصری هستند. نخستین شهرک دانشگاهی مصر در سال ۱۹۷۰ شامل ساختمان مسکونی و رستوران برای ۴۵۰ دانشجو در قاهره ساخته شد که اینک این ساختمان ۷ طبقه شده و بیش از ۶۲۰۰ دانشجو در آن ساکن می باشند .البته شهرکهای دانشگاهی دیگر در شهرهای اسوان، قنا، سیوه، سینا، اسیوط به منظور اسکان دانشجویانی که در شهرهای دیگر مصر در دانشکده های الازهر تحصیل می کنند، بنا شده اند .
