بنیادگرایی اصطلاحی است که در اصل برای اشاره به مسیحیت پروتستان آمریکایی بکار برده شد. مفهوم بنیادگرایی می تواند در تقابل با مدرنیته غربی مورد بررسی قرار گیرد. بنیادگرایی اسلامی با مشخصه های ضد تجدد، ضد تمدن، و ضد غرب شرح داده می شود و به طور کلی جنبه ضد تمدنی جدید آن خیلی برجسته است. اهمیت مطالعه حاضر فهم بسترهای ظهور بنیادگرایی اسلامی در چارچون نظریه برخورد تمدن های هانتینگتون می باشد. سوال اصلی پژوهش این است که مطابق با نظریه برخورد تمدن های هانتینگتون، بسترهای ظهور بنیادگرایی اسلامی در دره فرغانه چیست؟ فرضیه ای که در پاسخ به این پژوهش ارائه شده است، این است که تقابل بین طرفداران تمدن غربی و طرفداران تمدن اسلامی که به تدریج از اواسط قرن نوزدهم تا پایان قرن بیستم شکل گرفته است، بستر مناسبی را برای ظهور بنیادگرایی اسلامی در دره فرغانه ایجاد کرد. پایان نامه یک پژوهش تبیینی است که تلاش می کند توضیح دهد چگونه قطبی شدن جامعه بین نیروهای نوگرا و اسلام گرا باعث ظهور بنیادگرایی شد. فرمت مطالعه مبتنی بر یک تحلیل توصیفی و یک دیدگاه تاریخی و جامع از عقاید و رویداد های خاص است. دستاورد پژوهشی پایان نامه این است که بنیادگرایی مذهبی مترادف با افراط گرایی نیست بلکه هم سو با سنت گرایی است. برخورد تمدن اسلامی صرفا با مدریته نیست (به عنوان یکی از امواج تمدن غرب) بلکه تقابل آن به ماهیت توسعه طلب و برتری جوی غرب (غرب زدگی) مربوط می شود. نظریه برخورد تمدن ها می تواند برای دوره های روسیه تزاری و شوروی بکار برده شود اما از این کاربست پذیری برای دوره پساشوروی برخوردار نیست، و مدرنیته و نظریه های مربوط به بنیادگرایی، به نظر می رسد تقابل ها و بسترهای بنیادگرایی اسلامی در این دوره را بهتر توضیح می دهند.