ازجمله رویکردهای قابل‌توجه در مخالفت با تمدن سازی و اسلامی سازی علوم، نگاهی است که با اتکا بر فلسفه پدیدار شناختی و رویکرد انتولوژیکی، تلاش می‌کند الزامات تمدنی مدرنیته را امر اجتناب‌ناپذیر و حوالت تاریخی دانسته و هرگونه تلاش در اسلامی سازی و بومی کردن علوم جهت مهندسی تمدن اسلامی را محکوم‌به شکست بداند و در حقیقت این رویکرد بر این باور است که اساساً دغدغه و تلاش برای تمدن سازی و اسلامی سازی علوم، ریشه در جریان بومی‌گرایی وهویتگرائی غرب‌ستیز دارد، ازاین‌روی دلایل مخالفت خود را با این مسئله به موانع درونی و بیرونی بازمی‌گرداند. به همین روی مانعیت درونی در امکان و امتناع تمدن سازی و تولید علم دینی را به حاکمیت دستگاه تئولوژیکی یعنی الهیات در جامعه اسلامی برمی‌گرداند. به این معنا که هر دستگاه معرفتی بشر که واسطه در فهم بشر از متن و حقیقت دین باشد، به دلیل ماهیت بشری‌اش، منجر به اعوجاج در فهم دینی و درنتیجه ایدئولوژیک شدن دین می‌گردد، درحالی‌که حقیقت دین به دلیل ویژگی همچون قدسی بودن، مطلق بودن، فرا تاریخی، عینی نبودن، امری است که مانع از مقایسه آن با علم و درنتیجه مانع طرح تمدن اسلامی بر محور تولید علوم دینی می‌گردد. چراکه مواجه ما با دین امری وجودی وانکشافی است. مانعیت بیرونی در امتناع، به حوالت تاریخی، اقتضائات ذاتی مدرنیته، یعنی علم مدرن و تکنولوژی برمی‌گرداند، که چنین حوالتی اجازه نمی‌دهد انسان باقدرت و اختیار خود در برابر آن مقابله کند. با توجه به دو دال اساسی نظریه فوق در امتناع مهندسی تمدن اسلامی و تولید علم دینی، باید گفت اساساً، بدون تفقه جامع در دین و ترسیم هندسه معرفت دینی و تبیین جایگاه الهیات مطلوب، نمی‌توان مواجهه صحیح و مطلوب با متن دین و جریان دینداری در مقیاس تمدنی و اجماعی داشت، درواقع رابطه وجودی با دین، یک رابطه درونی و فردی است و موجب انزوای دین در متن حیات اجتماعی گشته و به سکولاریسم منجر می‌گردد. از سوی دیگر چنین خوانشی از الزامات مدرنیته با اصل تکلیف و اختیار انسان در جهت تکامل اجتماعی و تمدن سازی سازگاری ندارد، ازاین‌رو با فرض امکان‌پذیری توسعه و تکامل قدرت و اختیار برمحورحق، مسئولیت و تکلیف اجتماعی و تمدنی جامعه دینی، این اقتضاء و حوالت تاریخی الزام‌آور و جبرانگارانه را بایستی بشکند و درنتیجه طرح تمدن سازی اسلامی و علم دینی، مطلوب و امکان‌پذیر می‌گردد.